Op het Schoonhovens College is sprake van een eenhoofdig College van Bestuur, tevens het Bevoegd Gezag. De bestuurder is belast met het besturen van de instelling. Hem/haar komen alle taken en bevoegdheden toe die tot het bestuur van de instelling behoren. De bestuurder is daarvoor eindverantwoordelijk en kan daarop worden aangesproken. De missie en doelstellingen van de instelling vormen het uitgangspunt voor het handelen van de bestuurder. De bestuurder handelt en besluit in overeenstemming met de beginselen van behoorlijk bestuur.
De bestuurder is tevens rector van de locatie Albert Plesmanstraat (m/h/v).